El reduccionismo racionalista alcanza su máxima expresión en el periodo ilustrado y con el idealismo, aunque tiene referentes en el pensamiento griego clásico con el triunfo del logos sobre el mhytos: el neoplatonismo y las sectas gnósticas son ejemplos de religión especulativa y filosófica. Sin embargo la primera manifestación explícita de este reduccionismo tiene lugar en el renacimiento con la proclama de la autonomía radical de la razón humana.
El intento de reducir el fenómeno religioso a aspectos racionalistas (religión natural) se da con mayor insistencia en la Edad Moderna con Locke y Spinoza. Este, en el Tractatus theologicus-politicus, interpreta la religión judeocristiana desde la sola razón. Para el filósofo holandés la total coincidencia de saber filosófico y religión se produce en el amor Dei intellectualis, es decir, el conocimiento amoroso que el sabio tiene de Dios. Para el padre del empirismo es necesario para garantizar la convivencia civil la proclama de la laicidad del Estado y la tolerancia religiosa y, por otro lado, reivindica que la razón sea la medida de la fe.
Una de las filosofías más radicales de este reduccionismo racionalista es el deísmo, que niega toda intervención sobrenatural de Dios en el mundo presente (revelación histórica de Dios). Los aspectos no racionales de la religión son vistos como magia y se pretende destacar la trascendencia de un método demostrativo que justifique los fundamentos deístas: la existencia de Dios, al libertad y la inmortalidad del alma.
