Es necesario realizar una serie de observaciones críticas al análisis freudiano. El método que emplea le incapacita para realizar determinadas afirmaciones pues se limita a analizar desde fuera a sus testimonios. Ciertamente Freud puede hablar desde la psicología sobre la representación de Dios por parte del creyente, pero lo que no puede hacer es hablar de la existencia de Dios, ya que el método psicológico no puede tomar partido sobre el alcance metafísico de la fe religiosa.
Por otro lado es cierto que hay cierta analogía entre la relación hombre-Dios y niño-padre, pues el mismo cristianismo emplea esta comparación. No obstante, se trata de una metáfora y no de una estricta analogía, pues Dios no es un padre en el sentido humano del término y las relaciones hombre-Dios son distintas. Lo que hace Freud es antropomorfizar a Dios por lo que son comprensibles los temores de que su Dios conlleve consecuencias negativas en la vida de la persona y de la sociedad.
Podemos decir que la interpretación freudiana del complejo de Edipo como principio originario de la religión basada en el totemismo es del todo gratuita. Claro está que la evolución en la historia de las religiones es un hecho que nadie discute, pero no se puede hablar de un evolucionismo sistemático de estas. Es posible que el culto totémico derivara en algunos casos en el culto a los dioses, pero por ello no se puede universalizar a todas las demás creencias en una realidad trascendente. Por tanto, hay que decir que Freud no es propiamente un filósofo de la religión, sino un intérprete de la conducta patológica e inmadura de determinados sujetos a causa de vivencias deformadas de las verdades religiosas. La identificación del fenómeno religioso con un estado neurótico no se sostiene sobre bases sólidas al reducirlo simplemente a un ritual, por otro lado si hay una religiosidad enferma también puede haber una religiosidad sana, dentro de la concepción que hace Freud del fenómeno religioso.
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